哈尔滨医科大学有2个校区，分别是大庆校区和本部。
哈尔滨医科大学是由原哈尔滨医科大学（我国医学先驱伍连德博士于1926年创建的哈尔滨医学专门学校，1938年改名为哈尔滨医科大学）和原兴山（现鹤岗市）中国医科大学第一、二分校组建而成。具有相当的发展规模和鲜明的办学特色，已经跻身于全国高等医学院校前列，是黑龙江省重点建设高水平大学、中俄医科大学联盟中方牵头单位、部委省共建大学。
哈尔滨医科大学
位于哈尔滨市南岗区保健路157号
大庆校区
2004年，学校在黑龙江省大庆市建立哈尔滨医科大学大庆校区。
截至2013年12月，学校拥有一级学科博士学位授权点8个，硕士学位授权点11个;二级学科博士学位授权点57个，硕士学位授权点61个;博士后科研流动站5个。拥有国家重点学科3个，卫生部重点专业学科33个，省级以上重点学科(群)21个。
院系设置
| 基础医学院 | 公共卫生学院 | 卫生管理学院 |
| 马克思主义学院 | 人文社会科学学院 | 生物信息科学与技术学院 |
| 药学院 | 第一临床医学院 | 第二临床医学院 |
| 第三临床医学院 | 口腔医学院 | 护理学院 |
| 国际教育学院 |
