为促进直属高校建设工程项目控制好工程造价、规范好工程管理、落实好管理责任，《意见》强调要注重审计控制与审计评价相结合，对工程造价管理、财务管理中的控制缺陷及时出具审计报告和审计意见，并督促整改落实；要对重大建设项目的立项、设计、招标、施工、竣工等环节进行全过程跟踪审计；并特别重申了“建设工程项目未经审计不得办理竣工结算”的要求。
加强学校资产管理审计的重点是规范学校资产管理、提高资产使用效益、落实管理责任。其中，校办企业资产管理是当前高校国有资产管理的薄弱环节，是资产监管的重中之重，也是加强学校资产管理审计的重中之重。《意见》强调要重点审计校办企业国有资产监管职责是否履行到位，校办企业国有资产清产核资、评估备案和产权登记等程序是否符合规定。要通过审计，促进资产管理与预算管理、财务管理有效结合，防范学校资产特别是校办企业国有资产流失。
《意见》明确，直属高校可组织对教育部和学校的重大改革项目、重要方针政策的落实情况进行跟踪审计，着力监督检查内部机构和下属单位的具体部署、执行进度、实际效果等情况，及时发现和纠正有令不行、有禁不止行为，促进改革目标完成和政策落地生根。直属高校可根据改革发展和内部管理需要，配合党风廉政建设工作，适时开展专项审计调查。针对改革发展过程中出现的新情况、内部管理中遇到的新问题，利用审计反映制约发展、阻碍改革的措施规定，揭示内部管理存在的风险漏洞，及时研究解决，推动改进完善
