改革开放以来，我国事业单位改革取得了重要成效，但相对于其他改革仍然滞后，推动事业单位改革的任务依然繁重。
事业单位改革的出发点是推动公益事业和事业单位更好地发展，改革的核心是创新体制机制，革除制约公益事业发展的制度性障碍。深化事业单位改革，需要从总体上进行统筹规划和部署;需要配套进行，主要是完善相关财政政策，加大发展公益事业的财政支出，深化事业单位人事制度改革和薪酬制度改革，积极稳妥地推进事业单位养老保险制度改革，解决好新老退休人员待遇、事业单位和机关、企业之间社会保险关系的转移衔接办法等问题;需要加强领导，精心组织，整体部署，梯次推进。通过改革，基本建成适应经济社会发展、人民群众满意的中国特色公益服务体系，基本建立公益目标明确、投入机制完善、监管体制健全、治理结构规范、微观运行高效的中国特色现代事业单位制度。
一、事业单位改革主要思路
按照政事分开、事企分开和管办分离的要求，以促进公益事业发展为目的，以科学分类为基础，以深化体制机制改革，总体设计、分类指导、因地制宜、先行试点、稳步推进，进一步增强事业单位活力，不断满足人民群众和经济社会发展对公益服务的需求。
二、改革的总体目标
通过改革，用的五年时间，在清理规范基础上完成事业单位分类;到2020年，建立起功能明确、运行高效、治理完善、监管有力的事业单位管理体制和运行机制，构建政府主导、社会力量广泛参与的公益服务新格局，形成基本服务优先、供给水平适度、布局结构合理、服务公平公正的中国特色公益服务体系。
在5年目标之下，事业单位被划分为三类：“参照公务员类”，即承担政府职能的事业单位划入政府序列;“自收自支”类，即从事生产经营活动的事业单位将被推向市场;“财政补贴”类即公益性事业单位，将从人事管理、收入分配、社会保险、财税政策和机构编制等方面推进，采取“管办分离”等办法完善治理结构。
事业单位实行市场化改革的战略目标，就是将其从政府机关脱离出来，成为在市场经济体制下自负盈亏的法人实体;在事业单位形成一种单位自主用人、人员自主择业、政府依法管理、配套措施完善的分类管理体制;建立一套适合科、教、文、卫等各类事业单位特点，符合专业技术人员、管理人员和工勤人员各自岗位要求的具体管理制度;形成一个人员能进能出，职务能上能下，待遇能升能降，优秀人才能够脱颖而出，充满生机与活力的用人机制，实现事业单位人事管理的法制化、科学化。
三、改革要求
按照政事分开、事企分开、管办分开、营利性与非营利性分开的要求，积极稳妥分类推进事业单位改革。
四、改革的主要任务
(一)科学分类。在对现有事业单位清理规范的基础上，按照社会功能，将事业单位划分为主要从事公益服务、主要承担行政职能和主要从事生产经营活动的三个类别。主要承担行政职能的，逐步转为行政机构或将其行政职能划归行政机构;主要从事生产经营活动的，逐步改制为企业;只有主要从事公益服务的事业单位继续保留在事业单位序列，但要强化公益属性，改革管理体制、运行机制。
(二)实行政事分开。进一步转变政府职能，理顺政府与事业单位的关系。面向社会提供公益服务的事业单位要推进管办分离，逐步取消与行业管理部门的行政隶属关系。落实事业单位法人自主权，探索多种形式的事业单位法人治理结构。
(三)深化人事制度改革。以推行聘用制度和岗位管理制度为重点，转换用人机制，搞活用人制度，建立起权责清晰、分类科学、机制灵活、监管有力的事业单位人事管理制度。
(四)深化收入分配制度改革。建立健全符合事业单位特点、体现岗位绩效和分级分类管理的事业单位收入分配制度。
(五)推进以养老保险为重点的事业单位社会保险制度改革。完善事业单位参加基本医疗、失业、工伤、生育保险政策。事业单位养老保险实行社会统筹和个人账户相结合，养老保险费由单位和个人共同负担，单位缴费纳入社会统筹基金，个人缴费全部记入个人账户。基金单独建账，实行省级统筹。在参加基本养老保险的基础上，建立事业单位工作人员职业年金制度，费用由单位和个人缴纳。做好改革前后退休人员养老保障待遇水平的合理衔接。
(六)构建公益服务新格局。鼓励和支持社会力量兴办公益事业。放宽准入领域，推进公平准入，鼓励社会力量进入法律法规未禁止的公益事业领域。推动社会事业领域相关产业发展，满足人民群众多层次、多样化的服务需求。
(七)完善支持公益事业发展的财政政策。完善财力与事权相匹配的财政体制，加快形成统一规范透明的财政转移支付制度，促进不同地区基本公共服务均等化。改革和完完善财政支持公益事业方式，按照国家政策和“以事定费”原则，对不同类型事业单位实行不同的财政支持办法。有的给予全额经费保障，有的给予一定经费补助，有的通过购买服务等方式给予支持。
五、改革的组织领导
关于事业单位管理体制改革，国家出台的政策法规多是指导性意见;在改革政策实施上采取试点运行、局部推进的方式，使改革相对分散，缺乏整体性，并且多集中在教、科、文、卫等行业，其他行业涉及较少。从英国的改革来看，公共机构改革之所以能全面推开，与其改革前出台一部专门法案不无关系。而目前我国事业单位改革中政出多门，“你改你的，我改我的，我还故意不照你那样改”的部门、地方打架式改革现象非常突出。按照目前的制度设计，目前对我国整体体制(包括事业单位)改革设计、提供方案的就有中央机构编制委员会办公室和发改委的体制改革司两个机构，同时，人力资源和社会保障部负责事业单位人事与社会保障制度的制定与落实，财政部负责事业单位国有资产管理改革，另外，其它一些重要部门如科技部、卫生部、教育部等都在推进属下事业单位的改革。而各省、各市、各县甚至各乡也都在推进事业单位改革。在这种制度设计下，我国事业单位改革缺乏一种整体、一以贯之的框架，使得改革总是“只摸石头不过河”。要解决这种情况，可以借鉴英国公共机构改革的做法，由全国人民代表大会出台一部指导型的专门法律，从原则上规定我国事业单位改革的基本原则、融资模式、基本治理结构等等，只有这样才可以解决事业单位改革的“顶层设计”问题，解决各自为政现象。
