司法实践中，申诉时效一直是颇具争议的问题，法院和仲裁机关的处理也常常有不一致的情况。调解仲裁法不仅规定了申诉时效中止、中断，还将劳动法中引发争议的“劳动争议发生之日”明确规定为“知道或者应当知道其权利被侵害之日”，并将以前的“60日”改为了“1年”。这一转变消除了旧法的模糊性，为实践中仲裁机关与法院适用法律的统一奠定了基础。但仲裁委员会常常以超过申诉时效为由不予受理劳动争议案件，这种做法可能混淆了申诉时效的性质。
目前关于申诉时效性质有这样几种观点：
一、认为申诉时效是除斥期间，认为超过了该期间,劳动争议仲裁委员会就不会受理或驳回申请,也就不会启动劳动争议仲裁程序,实质上也就从程序上消灭了当事人请求仲裁保护的权利。笔者认为，除斥期间即不变期间，主要适用于形成权，而且期限届满将导致权利本身消灭。尽管该观点认为申诉时效的届满并不导致当事人丧失诉讼请求权，其仍应受到民法规定的两年诉讼时效的保护，但该观点陷入了自相矛盾的逻辑错误。如果劳动争议申诉时效属于除斥期间，那么该期间届满后，当事人实体权利理应消灭，何来诉讼请求权呢?况且，新法明确规定了申诉时效的中止、中断。故申诉时效并非除斥期间。
二、认为申诉时效既不是除斥期间，也不是诉讼时效，而是与之并列的特殊的仲裁时效或期限，且该期限仅适用于仲裁阶段。笔者认为，此种观点违背了劳动争议案件仲裁前置程序的立法本意。仲裁是请求人民法院解决劳动争议的法定必经程序，是为了将劳动争议案件及时快速解决在调解、仲裁阶段,以使当事人免于讼累，缓解了法院的压力。如果允许当事人在超出申诉时效之后仍然能获得诉讼时效的保护，则容易使仲裁程序流于形式，违背立法初衷。况且，时效制度是针对当事人的权利本身而设定的，是为了督促其尽快行使权利，以维持既定法律关系的稳定，而不是针对行政机关或司法机关而设定。一个权利之上不能同时存在两种时效制度，法律规定仲裁前置程序，并不是赋予当事人选择程序的权利，而是强制性规定争议解决的两个步骤;如允许两种时效同时存在，则当事人实际上(或者被迫)享有了选择程序的权利，这是有违立法本意的。
三、认为申诉时效是消灭时效，而不是诉讼时效。该观点认为诉讼时效与消灭时效不一致，认为仲裁时效的法律效力为义务人取得拒绝履行义务的抗辩权，仅适用于仲裁程序。笔者认为，根据引起时效发生原因的不同以及由此导致的法律效果不同，传统民法将时效区分为取得时效和消灭时效;我国民法未规定取得时效制度，只是规定了诉讼时效。我国民法规定的诉讼时效类似于消灭时效，其后果是如权利人不行使权利，其法律效果减损;且诉讼时效亦不能由法院主动适用。故该观点划分诉讼时效与仲裁时效的依据并不成立;同理，也不能主张一种权利重复适用不同的时效制度。
调解律师认为，申诉时效是一种诉讼时效，是立法者对劳动法律关系的特殊规定。以上三种观点都从保护劳动者利益出发，将申诉时效与诉讼时效区分开来，并将二者同时适用，这样有违劳动争议案件处理程序的连贯性，也在事实上违背了仲裁前置程序。申诉时效是诉讼时效的观点，不仅符合法理，也正当地保护了当事人权益。
1.申诉时效是一种特殊的诉讼时效。调解仲裁法第二十七条明确对申诉时效进行了规定，为当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起一年，并对拖欠劳动报酬做了特殊的规定。由于仲裁程序是劳动争议案件的必经程序，并且第四十七条规定了一裁终局制度;可见，劳动争议案件在经过仲裁后，有一部分案件将不能进入诉讼程序。故此，如果仲裁程序和司法程序适用法律不统一，例如允许存在两种时效制度，则在劳动者和用人单位之间造成了利益失衡，造成了仲裁前置程序的混乱和尴尬局面，这显然并非申诉时效的立法意图。故在新法实施后，申诉时效的诉讼时效性质已经明晰，立法者根据劳动法律关系的特殊性，对劳动法中的时效问题做了特殊规定，应当适用该特殊的诉讼时效。同时，在没有特殊规定的情况下，申诉时效也应适用民法关于诉讼时效制度的相关规定。
2.如超过申诉时效，履行义务人取得了抗辩权。由于仲裁程序和诉讼程序的连接性，自然不能分别适用不同制度，两种程序适用的法律规范也应具有一致性，否则仲裁程序前置制度就失去意义。而申诉时效作为诉讼时效的特殊规定，也自然受到诉讼时效理论的约束，即仲裁庭和法院均不能主动援引时效来作为判案的依据;申诉人超过调解仲裁法规定的期限申请仲裁，仲裁庭仍应当进行实体审理，查明是否有中止、中断的情况，而不能主动援引时效裁定不予受理。申诉时效只是赋予了义务人以抗辩权，义务人若不主动以此作为抗辩，仲裁庭仍不能主动适用时效规定。
3.当事人在仲裁期间未以时效抗辩，在诉讼期间主张时效不能获得支持。如被诉人在仲裁阶段因未提出时效抗辩而导致败诉，其在诉讼期间又主张时效的，法院应不予采纳其观点。笔者认为，在时效期间届满以后，义务人以明示或默示的方法抛弃其取得的时效利益，构成时效利益的抛弃，则应视为时效期间未届满，重新开始时效期间的计算。被诉人在仲裁期间如未提出时效抗辩，应视为其默示抛弃其时效利益。故仲裁程序结束后，已经重新开始了时效期间的起算，如被诉人在诉讼阶段再行提出时效抗辩，自不能获得法院支持。当然，如其在仲裁阶段提出时效抗辩而未被采纳，其在诉讼期间仍可提出，法院仍需重新审查是否超过诉讼时效。
