根据劳动法四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
那么加班费的计算基数就应为劳动者“正常工作时间工资”，原劳动部《关于贯彻执行<中华人民共和国劳动法>若干问题的意见》劳部发〔1995〕309号第55条劳动法第四十四条中的“劳动者正常工作时间工资”是指劳动合同规定的劳动者本人所在工作岗位(职位)相对应的工资。
所以加班费基数可以从以下几个方面确定：
1、劳动合同约定的工资。如果劳动合同有明确约定工资数额的，应当以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。应当注意的是，如果劳动合同的工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应当以各项工资的总和作为基数计发加班费，不能以“基本工资”、“岗位工资”或“职务工资”单独一项作为计算基数。
2、劳动合同没有约定的，按照集体合同约定的工资数额确定。
3、如果劳动合同、集体合同没有明确约定工资数额，或者合同约定不明确时，应当以实际工资作为计算基数，但不能低于当地的最低工资标准。凡是用人单位直接支付给职工的工资、奖金、津贴、补贴等都属于实际工资，具体包括国家统计局《关于工资总额组成的规定若干具体范围的解释》中规定“工资总额”的几个组成部分。
回到案例中的问题，“我公司的工资=基本工资+岗位工资+绩效工资+补助，但是公司制度中规定了加班工资计算的”基数“为基本工资与岗位工资之和(非全部实际工资)，这样做合法吗?”根据劳动法四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：……“应当”一词表明这一条款属于强制性法律规定，根据这一强制性规定，加班工资应当高于劳动者正常工作时间的工资报酬，如果用人单位只按照“基本工资+岗位工资”来作为加班基数，用人单位实际支付的加班工资低于这一数额，属于违法行为。因此该规定违反了强制性法律规定，是无效的。再根据《北京市工资支付规定》第四十四条的规定，首先从其劳动合同约定；劳动合同没有约定的，从其集体合同预定；劳动合同、集体合同都没有约定的，以实际工资作为加班基数。所以，公司只是在公司制度中如此规定是无法作为加班基数的，应当以该职工的实际工资作为基数计发加班工资。
案例延伸阅读：相关法律法规条款
劳动法
第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
(一)安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
(二)休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
(三)法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
