这次国家《基本医疗保险药品目录》调整和《工伤保险药品目录》制定工作主要分三个阶段：
第一阶段是准备阶段，主要工作：一是收集整理药品资料并进行分析。二是在征求各方面意见的基础上制定工作方案。三是组织专家研究制定评审工作技术方案。四是组织研究制定剂型规范方案。五是调整增补咨询专家和遴选专家。
第二阶段是药品评审阶段。主要工作：一是组织专家研究调整《基本医疗保险药品目录》药品分类。二是组织咨询专家在讨论的基础上确定备选药品名单。三是选择部分有代表性的省市，组织遴选专家对备选药品提出评审意见。四是对遴选专家的意见进行统计分析。
第三阶段是论证发布阶段。主要工作：一是对组织咨询专家对遴选专家的意见进行论证。二是组织专家研究提出对部分药品使用范围进行规范的具体意见。三是按规定程序审批发布2004年版国家《基本医疗保险药品目录》和《工伤保险药品目录》。
