一、申请手续
（一）大陆居民申请往来台湾通行证，应当按照要求填写申请表，回答有关询问并提交下列材料：
1、提交符合《出入境证件相片照相指引的申请人照片。
2、交验申请人居民身份证原件。不满16周岁未办理居民身份证的可交验居民户口簿，人民解放军军人、人民武装警察交验军人身份证明（军官证、士兵证或者警官证）。
3、按规定留存或者核验指纹信息。
4、在非常住户口所在地申请往来台湾通行证的，还须按照公安部出入境管理局有关规定，提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明材料，但属于本须知“受理机构”部分第（一）至（七）项规定情形之一的除外。
5、登记备案的国家工作人员、军人，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照干部管理权限出具的同意其办理出入境证件的函件，但持“赴台批件”申请赴台的除外。
6、未满16周岁的申请人，还应交验监护关系证明（《出生医学证明、监护关系公证书、户口簿等），交验监护人居民身份证原件；监护人委托他人陪同的，还须提交监护人的委托书，交验被委托人的居民身份证原件。
（二）大陆居民申请前往台湾签注，应当按要求填写申请表，回答有关询问并提交下列材料：
1、有效往来台湾通行证（同时申请往来台湾通行证和签注的除外）。
2、与申请事由相关的证明材料。
3、在非常住户口所在地申请前往台湾签注的，还须按照公安部出入境管理局有关规定，提交符合在非常住户口所在地申请条件的证明材料，但有本须知“受理机构”部分第（一）至（七）项规定情形之一的除外。
4、登记备案的国家工作人员、军人，应当提交本人所属单位或者上级主管单位按照干部管理权限出具的同意其办理出入境证件的函件，但持“赴台批件”申请赴台的除外。
5、委托他人代为申请的，委托人应出具委托书，被委托人须交验本人居民身份证等身份证明原件；由单位代办的，应当提交单位公函，交验代办人居民身份证等身份证明原件。
大陆居民同时申请往来台湾通行证和签注的，无需重复提交相关材料。
（三）提交与核验指纹信息
申请往来台湾通行证，应由申请人本人前往受理机构提交或者核验指纹信息，具体规定如下：
（一）申请往来台湾通行证的16周岁（含）以上申请人应当采集或者核验指纹，但因指纹缺失或损毁无法采集指纹的除外；对16周岁以下的，根据其监护人的意见确定是否采集指纹。
（二）对在本省、自治区、直辖市公安机关出入境管理机构已留存过指纹信息的，无需再次采集，但需本人进行指纹核验。核验通过的可复用已存指纹信息，核验未通过，但经调查身份属实的，应当重新采集指纹。
（四）与申请事由相关的申请材料
1、赴台个人旅游、团队旅游的，免交与申请事由相应的证明材料；大陆居民赴台旅游组团社领队申请赴台团队旅游多次签注的，应当提交所在组团社出具的公函，交验赴台旅游领队证原件。
2、赴台探亲的，交验相应事由的入台许可证明原件。
3、赴台定居的，交验相应事由的入台许可证明原件。大陆居民自行取得台湾居民身份后返回注销大陆户籍并申请赴台湾证件的，须交验台湾地区居民身份证和台湾地区户籍誊本原件。
大陆居民与台湾居民在大陆所生子女申请赴台湾定居，在大陆未办理户籍登记的，还须交验本人《出生医学证明，父母双方中作为大陆居民一方的居民身份证原件。
4、应邀赴台的，提交国务院台办或经其授权的地方台办出具的“赴台批件”原件，或经受理地省、自治区、直辖市台办盖章确认的复印件。
5、赴台进行商务活动的，提交国务院台办或经其授权的地方台办出具的“赴台立项批复”原件，或经受理地省、自治区、直辖市台办确认的复印件。
6、赴台学习的，提交开放赴台就学省份的设区市以上台办出具的赴台学习证明。
7、执行两岸直航航运任务的，提交国务院台办或经其授权的地方台办出具的“赴台批件”原件，或经省、自治区、直辖市台办确认的复印件。
8、赴台从事近海渔船船员劳务作业的，提交对台近海渔船船员劳务合作企业出具的函件原件。
9、赴台就医、奔丧、处理财产、诉讼等私人事务的，交验相应事由的入台许可证明原件。
二、办理程序
1、受理。(1)核实身份。(2)验收申请表和申请材料。(3)资料录入，出具回执。(4)报送审批。
2、审批。省级、地(市)级公安机关出入境管理部门对往来台湾的申请做出批准或者不批准的决定。
3、签发证件。同时申请《往来台湾通行证及前往台湾签注的，由各省、自治区、直辖市公安厅(局)出入境管理部门集中制作、签发。
对持有有效《往来台湾通行证申请前往台湾签注的，由直辖市、地(市)级公安机关出入境管理部门签发。
