南京医科大学设有两个校区（五台校区和江宁校区）
五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1300亩，是教学和科研中心。
南京医科大学（Nanjing Medical University），简称南医大，学校位于中国历史文化名城、六朝古都南京市，由中华人民共和国教育部、中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、江苏省人民政府三方共建，学校是江苏省属重点建设大学，教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校、江苏省高层次人才培养计划??“333工程”培训基地。
学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，学校被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，学校更名为南京医科大学。
截至2018年3月，学校建有五台、江宁两个校区，设有23个学院（部）和1个独立学院，在江苏、上海、浙江、山东等地拥有24所附属医院和50多所教学医院，学校设有24个本科专业和3个“5+3”本硕一体化专业，在校生总数1.4万多人，在职教职工1700多人；有教授188人、副教授252人，有博士生导师587人、硕士生导师2014人（含附属医院）。学校现有中国工程院院士1名，美国国家医学院外籍院士1名，“*”特聘教授3名。在教育部第三轮学科评估中，学校的基础医学一级学科位列全国第7，口腔医学位列第6，公共卫生与预防医学位列第3，护理学位列第8。2016年，学校获得265项国家自然科学基金项目，项目数位居独立设置医科大学第1位。
